上海医科大学前身是上海医学院，民国16年(1927年)7月在上海吴淞创建时，名为国立第四中山大学医学院，是中国国立大学创办的第一所医学院，由颜福庆出任首任院长，政府拨给吴淞镇前国立政治大学旧址为校舍。1928年2月，第四中山大学更名为国立江苏大学，1928年5月，再更名为国立中央大学，医学院又先后更名为江苏大学医学院、中央大学医学院。民国21年（1932年）校舍被日军炮火所毁；同年9月，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，为中国唯一的国立医学院。民国25年（1936年）创办药学专修科。同年，医学院迁入枫林桥新址(今医学院路138号)。
民国25年（1936年）起，建造上海医事事业中心，相继建造大小建筑15幢，建筑面积为18305平方米。这些建筑由基泰工程司承办，隆昌建筑公司设计。主要有第一教学楼、工学楼、松德堂、职工宿舍等，在当时可称规模宏大。其中以第一教学楼规模最雄伟，这是一座钢筋混凝土结构的中西混合式建筑。中央高四层，下三层为钢筋混凝土结构，第四层为木架梁，两翼高三层，建筑面积8727平方米。建筑平面为“凹”字形，左右对称布局，中间底楼有三券门，进入大门为大礼堂，高度贯至二、三层，两翼呈曲尺形，室内装饰亦为民族形式。中部为黄色琉璃瓦庑殿式屋顶，左右两侧楼为平顶，两侧翼顶端各有一四角攒尖方亭，与主体之间以廊道连接。建筑立面为机制红砖清水墙，细部用民族形式的花纹装饰。檐下架上施传统彩画图案，屋脊之上吻兽，门前左右两尊石狮等颇显中国清代官式建筑特色。楼前则是西方园林风格巴洛克式的庭院绿化和喷水池。
1937年，抗战爆发，医学院内迁至云南昆明白龙潭；1940年辗转迁至四川重庆歌乐山，由朱恒壁任校长。1946年，抗战胜利，迁回上海。1952年，更名为“上海第一医学院”，颜福庆任院长。1959年被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为“上海医科大学”。1994年，通过211工程（中国21世纪重点建设100所大学计划）预审，为上海第一所获此资格的高校。2000年4月，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建为新的复旦大学。两校合并后，为进一步丰富上医校史馆馆藏，更好地展现上医乃至中国近现代医学教育的历史，复旦大学组织力量开展了上海医科大学校史馆复馆工作，校史馆选址就在第一教学楼。
上海医科大学校史馆展出了许多珍贵的历史照片和书籍资料，包括重要历史事件、重要人物及其背后的经典故事等。从1927年到2000年，从创校的艰辛到抗战时期的动荡，从投身抗美援朝到参与国家公共卫生体系建设，各个阶段的历史都得到了充分的展现。
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