马来西亚国家馆以“和谐城市生活，融洽马来西亚”为主题，重点展现马来西亚风情和团结的民族精神。
展馆面积为3000平方米，设计灵感来源于马来西亚传统建筑，采用可循环利用的油棕、塑胶等材料建筑而成。整个建筑由两个高高翘起的坡屋顶组成，犹如一艘远航而来的“木船”；屋顶尖端的交叉构架是马来西亚本土建筑的特有符号；观光电梯被设计成吉隆坡“双塔”摩天楼形状。展馆的外墙则借鉴了马来西亚传统印染的纹理，由蝴蝶、花卉、飞鸟和几何图案组成。
作为马来西亚传统文化的杰出代表，被联合国教科文组织2008年7月列为世界文化遗产的历史名城马六甲和槟城将是展馆表现重点内容。此外，由全国47个民族的文化元素构成的民族歌舞表演，将是马来西亚馆文化活动的主题内容。根据计划，在184天的世博会会期里，马来西亚馆内一个可容纳100名观众的小剧场，每天都会表演两场民族歌舞。在马来西亚重大节日以及马中建交纪念日，展馆还将举行观众抽奖活动，幸运的中奖者还将获赠神秘礼物。特别值得一提的是马来西亚馆内将布置小型高尔夫球场，虽然没有标准球场那样有辽阔的绿野和轻轻的流水，但是，参观者足可以在此体验到“推杆”的乐趣。此外，展馆内还将提供清香的马来西亚白咖啡和营养丰富的肉骨茶。
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