崇明学宫现已成为崇明县博物馆，馆内现有“崇明岛史与古船”、“崇明民俗”两个基本陈列，其主题鲜明，脉络清晰，内容翔实，展品丰富。布置在学宫大成殿及东西两庑内的“崇明岛史与古船”陈列，由序厅和六个单元的内容组成。陈列运用了文物、模型、雕塑、沙盘、布景箱、图片和先进的视听手段、通俗简明的文字说明，真实地反映了崇明岛的形成及其政治、经济、交通、水利、文化等各方面的发展和建设成就。其中，展出的两艘唐、宋古船，是目前上海地区独一无二的珍贵文物，堪称镇馆之宝；我国四大船系之一的崇明沙船，更以其独特的功能蜚声海内外。布置的尊经阁和崇圣祠内的“崇明民俗”陈列，则通过集镇、民间家庭居室、农耕、纺织等生动逼真的场景，再现了崇明人民的辛勤劳动和淳朴生活，给人以身临其境的真切感受。其中，既有19世纪末、20世纪初崇明老街商业景致的生动展示，又有崇明典型的传统民宅“四厅头宅沟”及其室内家居布置的逼真再现；另外，耕织部分还向人们展出了近30件功能各异的常用生产工具。此外，崇明县博物馆内还有“黄丕谟艺术馆”等固定展览。