東林禪寺乃歷史名跡，原名觀音堂。元至大初年（1308年），由僧人妙因所建。元皇慶二年（1313年），西林寺智僧來開山，改額為東林禪寺。至正年見（1341－－1367年）毀於兵 。明初僧至益重建，後因年久失修而傾毀。清乾隆年間陳克已等再次建造新寺。嘉慶十年（1805)年，僧漪雲重修，並建蓮月軒。道光五年（1825年），大殿毀於火災。九年（1829年），僧念懷募款重建。道光十八年（1838年），山門又毀於火燹。抗日戰爭期間，寺內有和尚11人。20世紀50年代初，有和尚6人，寺內尚存大殿一座。

　　1987年，東林禪寺尚存的一座大殿被上海市人民政府被列為上海市文物保護單位。1998年5月，由金山區人民政府與上海市文物管理委員會共同出資修繕，同年11月竣工。對該寺院維修加固後，大殿恢復清代建築特色－－重檐歇山式屋頂，小青瓦一字脊，垂脊與角脊處置獸吻。朝南，面闊五間帶軒廊，建築面積3746.2平方英尺。抬梁式構架，榫卯組合，磚木結構，外貌雄偉莊嚴。

　　1998年5月由上海市文物管理委員會出資予以修繕，大殿整體頂昇1.97英尺，同年12月竣工。此殿座北朝南，磚木結構，重檐歇山頂，通高49.9英尺，面闊5間帶軒廊，進深6間，建築面積3778.5平方英尺。脊飾華美，每只戧脊有3只蹲獸，木內柱和梁架粗大，斗拱密布有序，上下檐的外檐斗拱均是一斗六昇大斗拱，殿前後共12根檐柱。現為上海地區佛教建築中單體體量最大的古建築。1987年公布為市級文物保護單位。2002年11月，經金山區宗教事務管理部門批准，正式登記為佛教活動場所，東林禪寺纔以佛教形象接納剛大香客和游人。

　　2004年金山區政府貫徹落實黨的宗教政策，無償劃撥原金山縣政府大院8.8萬平方英尺作為東林寺和西林寺兩寺合並的擴建用地，並於2007年9月以重現元代古剎特點的雄姿展現在廣大香客和游人面前。如今的東林寺是一座耀眼的山體奇觀：佛是一座山、山臥一座佛。寺內的12大亮點更是集合了佛教界和建築界的精粹。其中最具代表的是中國佛教第一銅『千佛門』，目前亞洲最高、容納信眾最多的『觀音閣』，稀世鎮寺之寶『圓通寶殿』、『五佛冠』等。