崇明學宮現已成為崇明縣博物館，館內現有『崇明島史與古船』、『崇明民俗』兩個基本陳列，其主題鮮明，脈絡清晰，內容翔實，展品豐富。布置在學宮大成殿及東西兩廡內的『崇明島史與古船』陳列，由序廳和六個單元的內容組成。陳列運用了文物、模型、雕塑、沙盤、布景箱、圖片和先進的視聽手段、通俗簡明的文字說明，真實地反映了崇明島的形成及其政治、經濟、交通、水利、文化等各方面的發展和建設成就。其中，展出的兩艘唐、宋古船，是目前上海地區獨一無二的珍貴文物，堪稱鎮館之寶；我國四大船系之一的崇明沙船，更以其獨特的功能蜚聲海內外。布置的尊經閣和崇聖祠內的『崇明民俗』陳列，則通過集鎮、民間家庭居室、農耕、紡織等生動逼真的場景，再現了崇明人民的辛勤勞動和淳朴生活，給人以身臨其境的真切感受。其中，既有19世紀末、20世紀初崇明老街商業景致的生動展示，又有崇明典型的傳統民宅『四廳頭宅溝』及其室內家居布置的逼真再現；另外，耕織部分還向人們展出了近30件功能各異的常用生產工具。此外，崇明縣博物館內還有『黃丕謨藝術館』等固定展覽。